ソース弄れるから意外と何とかなることが多いが本人次第だぞ
1についてはclose allボタンの方はhomeボタン使えばOK
個別は$:/core/modules/widgets/navigator.jsの
NavigatorWidget.prototype.handleCloseTiddlerEvent = function(event) {
〜
};の括弧内のremoveとsaveの間に
if (0===storyList) {
storyList = this.wiki.getTiddlerText("$:/DefaultTiddlers").split(/\r?\n/);
}
を追加すりゃ動くかもな（ダメだったら削除すれば元に戻る）
直接弄るとアプデの時面倒かもしれないがまあいいだろ
2は多分パーサー弄るか既存のリンクは諦めてなんかリンクキャッチとか使ってリンク先のフィールドにcurrenttiddlerを差し込んでから移動するマクロ作るとかじゃね
もしhttp://tiddlywiki.com/static/Reference.htmlみたいなのがやりたいなら
tiddlywiki staticとかtiddlywiki 静的あたりでぐぐればきっと誰かがやり方上げてるに違いない
言うまでも無いが弄る前はバックアップ必須