レジストリをいじる必要がある。
正直言うとどこまで書く必要があって、どれが優先されるのかは分からない。

とりあえず基本的なところだけ

○拡張子の設定でPerceivedTypeを登録だけでもいけるかも (XP以降の機能らしい)
　[HKEY_CLASSES_ROOT\.mkv]
　"PerceivedType"="video"

○HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\MediaPlayer\MLS\Extensionsに拡張子を登録
　[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\MediaPlayer\MLS\Extensions]
　"mkv"="video"
ttp://support.microsoft.com/kb/823275/ja
とかあるんで正攻法かもしれない

WMPのオプションの関連付けに表示したい、ファイルを開くからフィルタをかけたい
とかいうなら他にもいじる必要がある