Stickypaper、時々システムがビジーになってexplorerが再起動したりするとトレイアイコンが消えることがあるね。
（他のアプリは消えるものもあれば消えないものもある）
一応回避策があるらしいので、中の人が見てたら検証おねがいしまつ。

MSのノウリッジベース
「Windows XP の通知領域からアイコンが消えることがある」
http://support.microsoft.com/kb/835874/ja

Delphiのサンプルコード（RegisterWindowMessage を呼び出してるあたりがポイントらしい）
ttp://hpcgi1.nifty.com/MADIA/DelphiBBS/wwwlng.cgi?print+200802/08020037.txt
ttp://www2.big.or.jp/~osamu/Delphi/tips.cgi?index=0207.txt