WinSCP特有かチェックしないとな
あえて、WinSCPってことだから、sftpだろうから、

FileZillaでも、同じ現象が起こるか、試してみて。

あと、その消せないディレクトリを、他のソフトで、消せるか？というのも・・・。

しかし、Invalid Argument？って・・・
引数のエラーなんだけど、WinSCP側のエラーなのか、サーバーが返したエラーなのか・・・
たぶん、前者なのだろうけど