>>98
global optionのgutter設定、line numberlingのチェックONで
各行の行頭に表示される行番号です。

それで、'−'が含まれる行を見ると、
EUC-JPでロードすると3000（既報のとおりここは半角'-'のように見える）なのに
EUC-JPwinでロードすると2422（こちらは期待どおり全角'−'で表示される）になる。
※他エディタでロードすると3000
そのまま別名で保存してWinMergeで差分を確認したところ、ところどころ行が消失していることが判明。
１行だけ消えた箇所もあれば数十行まとめて消えた箇所もある。
（行の途中から消えているようなのもある）
消失するルールまでは調べていないです。