私もアプリはOSと別ドライブに置いてます。
最近それに加えてアプリのデータディレクトリだけさらに別ドライブに
しています。
ウイルスチェックをプログラムだけにして地図ソフトなどの巨大データ
を毎回チェックさせないためです。