アプリでもデータでも、OSとは違うドライブに入れるのが常識。
こうすれば、OSのドライブだけをTrueImage等でバックアップしておけば、
OSドライブをリストアするだけで簡単に元の環境に戻すことができるから。
もちろん、OSドライブが死んでもデータは助かる。
こうすれば、OSドライブはXPなら4GB、Vistaなら15GB、Win7なら12GBもあれば充分。