原則的にC:\Program Files\のまんま。

しかし、設定ファイルなどを実行ファイルと同じフォルダーに保存するものは
NTFSシンボリックリンクをC:\Users\<username>\AppData\Roaming\以下に作成して、
ショートカット作成や関連付けなどはこのシンボリックリンクのパスで行い
VirtualStoreのお世話になることなくマルチユーザーで使えるようにしてる。

それから、環境変数%Path%にインストールフォルダーを登録する必要のあるコンソールアプリなどは
%Path%の文字数が最大容量の2047文字を使い切らないようにするため、短いフォルダー名のC:\Apps\に
入れてる。