XP SP3使用。４年ぐらい前に買ったDELLのPCです。
FORMAT FACTORYは2.15あたりから随時最新版を使用（今は2.6）
テレビ録画用にパナソニックのDIGAを使ってて、簡単なCMカット程度はDIGAでやった後、DVDに保存。
うち、好きなものだけPCのHDDにもコピーして編集し直してます。
この時に、VOBファイルをmp4にエンコードするのにコレを使っているんだけど、一つ問題が出てます。
VRモードで録画した場合、複数番組録画していても、PC上では１つの大きなデータになってますよね。
エンコする前のデータでは普通に見られるのですが、
Format Factoryでエンコードすると、番組と番組との境目と、CMカットの前後にいつも不具合が出るのです。
Aという番組を１番目に、Bという番組を２番目に録画しているとします。
すると、Aの録画データの最後十秒あたりからBの録画データの最初30秒あたりまで、
音声は普通に流れるのに、動画が止まるか非常にゆっくりコマ送りされている状態になります。
CMカットの前後も同様です。
その数十秒間が過ぎれば、また普通に動画も見られるし音声も聞こえてきます。
どなたかこの不具合が起こってる方いらっしゃいませんか？
使い始めた当初のバージョンからこの不具合があり、2.6でも同じ現象がおきます。
エンコードの設定はいつも、mp4の高画質でやっています。

ちなみに、Mediacoderでエンコードするとこの不具合は起きません。
ただ、私のpcでは、Mediacoderはこれよりも大きな不具合が時々出るので使いたくないのです。
（変換終了間際になってエラーが出て、まったくエンコードできなかったことになる。
それまで何時間かけていても全部無駄に）

何か対処法がありましたら、アドバイスいただけないでしょうか？