１．「SETTING」からか各種設定をした時、２．「現在の設定を保存」ボタンを押した時
以外に終了間際に設定をすべて書き出すという仕様を選んでるので完全解決っておそらく無い
なんでこんな危うい仕様になってるのかは知らないけど、これだけ手練の作者だから
何かの必要があってやってるのだと思うけど
作者推奨の公式対処法は
１．設定が飛んだらArtPc.bak　ArtTips.bakの.bakを.iniにして設定を戻す
２．ArtTipsの「Windowsの終了」を使うと書き出しを完了してからArtTipsとOSが終了する
３．OSが立ち上げる時にArtTipsが起動するのが早すぎて同様な現象が起きる人は
ArtTips.exeをやめて、Restart.exeの方から起動するとこちらも遅延起動になってるらしい

この件についてはこれ以上は知らないので、これが最後ね
では良きArtTipsライフを