質問です。
のどかで編集されたキー設定というのは、
changekeyやkeyswapでキー変更された箇所よりも
キー情報の流れで上流にあるのでしょうか?

changekeyでWINキーを他キーに入れ替えたのですが、
のどかにおいてWINキーをほかキーにリマップすると
WINキーの機能が復活して、たとえばWIN+Lで画面のロックが
できるようになります。

changekeyはレジストリの Scancode Map による置き換えらしいですが、
のどかのカーネルモードというのはそれよりも上流にあって優先されるのでしょうか?