MOZ_SHUTDOWN_CHECKS=nothing という環境変数設定すれば
YAMY起動中に、Pale Moonを終了させてもプロセスが残り続けることは解消できました。

のどかでは起きない。YAMYでは起きるを確認したあとで、YAMYと、のどかのビルドオプションを一致させたり
ソースコードの違いで関係ありそうな部分をYAMYに反映させたりしましたが、特に進展はなく、4，5時間使ったので
のどか が何本も買えるぐらいの工数は使ったように思います。休みだから良いですが

ちなみに、Pale Moon process zombieでWeb検索すれば、約5分で解決しました。