うちはのどか4.25だけど、その設定でちゃんと上の階層に登る

調査ウィンドウでひらがなキーを押したときのスキャンコードと仮想キーの調査をしてみて
ひらがな=aの設定ならこうなるはず
■スキャンコード
0x70 D-ひらがな
0x70 U-ひらがな
■仮想キー
0x41 &VK( D-A )
0x41 &VK( U-A )

A-Upなら仮想キーがこうなるはず
0x12 &VK( D-MENU )
E-0x26 &VK( E-D-UP )
E-0x26 &VK( E-U-UP )
0x12 &VK( U-MENU )

あと起動したときのログに
loading: 〜
ってどの設定ファイルを読んでるのか出てるので、
ちゃんと意図したものを読んでるのかどうかを確認してみて