Windows 7 64 bit で yamy 0.03 を使っています。
コンパクトキーボード用の設定として 109compact.mayu を作成して次のように設定してみました。

include "109.mayu" # 109 keyboard

keymap Global
mod alt -= RightAlt
mod control += RightAlt
mod mod0 += !Hiragana
key M0-*BackSpace = Delete

やりたいのは、右 Alt キーを Ctrl モディファイヤに、
Hiragana + BS を Delete に設定することです。
しかしなぜか mod0 に Hiragana を割り当てた途端、Hiragana を押さなくても
ほとんどのキーに M0 が付加されてしまいます。結果、BS は Delete キーだけになってしまいます。
ほかに何か設定が必要なのでしょうか。