と思ったら、lame.exeで --tn "%tn"とすると ID3V2の方は頭に0が付くね。
ID3V1の方には付いていない。

他のコマンドライン版エンコーダ(AAC等)では %tnで頭に0は付かないのと、
lame.exeでもCDex内蔵のタグ付加機能だと0は付かないから、lame.exeの
問題のような気がするなぁ…