この書き込みを受けて、
「Cdexはイメージファイルのリッピングに向いていないのかな」と思った。
イメージが扱える、EACやFoobarがある訳だし

ただ、ツタヤなどのレンタルショップで借りたCDから作ったイメージファイル（imgburnの.img .cue .ccd）を
仮想ドライブにマウント、CDexでドライブ"ELBY CLONE"を選択して
エンコードしたファイルに、不具合のあるものがあったという事だけ。

購入したCDなど、PCにイメージを残す必要が無いものは
そのままオンザフライエンコードを行っていて、それらのmp3ファイルは、聴いた以上は異変が無かった。

ここは素人考えだけど
店舗や郵送で返却する前にイメージファイルを元にCD-Rへ焼いたものを、再びCDexで取り込んだら
正常なファイルができるのでは？と考えたんだ。