NicoPlayerは［動画サイズをコメント表示用に補正する］がオンの場合、内部で512x384に強制リサイズする
全画面再生する場合、それを拡大するわけだから、画質がgdgdになるのは当たり前
画質の劣化を抑えたいなら、ffdshow側で縦384（4:3なら横512、16:9なら横684か682）にリサイズし
NicoPlayerの [動画サイズをコメント表示用に補正する] のチェックは外す
その方がマシになるし、16:9動画はレターボックスにならずに16:9で再生される

NicoPlayerはニコ動の古い仕様に合わせて処理している部分が足を引っ張っている
動画は縦384or288と決めつけているから、高解像度動画をそのまま再生するとコメントが相対的に小さくなる
これを防ぐために強制リサイズする泥縄オプションが［動画サイズをコメント表示用に補正する］なわけ
そうじゃなく、解像度に応じてコメントを大きく描画するのが正しい処理なんだけどね

他にも、NicoPlayerでDLしたコメントファイルにはscore値（共有NG値）やleaf値（毎分表示フラグ）が含まれてない等
まぁこれは、NicoPlayerだけで使用する限り不要（無意味）なデータだけど