アマレコでとった動画ならこれが原因じゃないの
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> 音声の圧縮に関しては、48000Hz、16bit、2chのフォーマットにて無圧縮で録画すると約6時間で音データが4GBを超えます。
> ビデオファイルそのものはおそらく問題ないと思いますが、AviUtlで編集などを行うと4GBを超えた部分（約6時間を超えた部分）の音声が正しく扱えないようなので、
> 6時間を超えるような録画を行う場合はMP3で圧縮しながら録画するようにして下さい。
> 試していないですが、128kbpsで圧縮すれば、60時間くらいは行けると思います。
> なお、あくまでAviUtlの話なので、AviUtlを使わない人はMP3を使わず今まで通り無圧縮で録画して構いません。