uim-skk 使ったことないけど共有は考えられてなさそう。
emacs の方の設定はあくまで emacs 側が他と共存出来るように動くだけで
他がロックしたりするようじゃだめだしねえ。

適当にぐぐった感じだと cron でマージさせたりとかしてる人がいたな。