Acrobat ReaderからPDFプリンターやXPSプリンターに出力してファイルを比較すれば
問題の切り分け(Acrobat Readerが原因か、ドライバー等の他が原因か)はできそうだけど・・・
プリンターの入れ替えで問題が起こってたのならそのベンダーのエンジニアに相談したらよいのでは？