Freeplaneで日本語変換が途中確定する件、動作分析の続報です。

結論からいうと、この現象は下記２つの条件のどちらかに抵触すると発生するようです。

(1)IME側の変換前文字の入力長上限に触れた場合（90文字※1）
(2)Freeplane側のノード幅上限（35文字※2）に触れた際の不適切なフィールド更新
　（setLineWrap()内のsetEditable()実行は、フィールドの更新反映だけでなく、確定を伴う）

※1　私のMSOfficeIME2010の場合
※2　Freeplaneのノードデフォルト幅設定に関係か？
※1,2 同じ文字「ああああ…」とインライン入力し続けると再現。異なる文字だと再現しない場合も。
　　（IME側の内部処理によって上限が変動するのかもしれません）

(1)(2)を切り分けられたのは、IMEの動作をリアルタイムで監視する方法を見つけたためです。
IME変換中はsetLineWrap()を実行しないようにして（2）を回避しました。
しかし、この場合も、90文字を超えると勝手にオーバした分だけ前半から順次確定してしまいました。
この際はsetLineWrap()は実行されていないことも確認しています。
（※監視にはInputMethodListenerクラスを使用）

以上