日本語の入力が勝手に確定されてしまう件の修正を、とりあえず取り込んでもらえました。
現状は alpha バージョンに取り込まれています。
ビルドしてみましたので動作確認のご協力をお願いします。

ttps://bitbucket.org/hokorobi/freeplane/downloads/freeplane_bin-1.4.1-alpha.zip

Windows7 Home x64 + Google IME での動作は問題なさそうでした。