あまり需要はなさそうだけど、書いておこう
最新版Freemind1.0.1の、書類アイコン白紙問題の対処法

いじる場所はレジストリの以下の部分

HKEY_CLASSES_ROOT\Freemind\DefaultIcon

ここはアイコンデータの格納場所で、デフォでは以下のようになってるはず
デフォ以外のディレクトリにインストールしてる人は適宜置き換えて読んでね

C:\\Program Files (x86)\\FreeMind\\freemind.exe,1

つまりFreemind本体の中にあるアイコンデータを指定していて
パスの最後の数字の1は書類アイコンを示しているのだけど
freemind.exeを覗いてみると、書類アイコンがない！ｗ
データがないんだから、表示のしようがないというのが原因

しかし同じディレクトリに32ビット版と64ビット版の実行ファイルがある
もしかしてと覗いてみるとビンゴ！書類アイコンデータを持ってる

なので、上記のレジストリ値を以下のように書き換えればOK

C:\\Program Files (x86)\\FreeMind\\freemind32.exe,1

つまりfreemind.exeをfreemind32.exeに置き換えます
持ってるアイコンデータは同じなのでfreemind64.exeでも構わない

あとは再起動して完了