それ以上は再現できる環境で、作者の人がデバッガ当ててみないとわからないだろうな
それでも原因不明（OS不具合や環境要因）となる可能性もある

ちなみに、uLilithが起動していない状態からDDEClient経由で再生しようとして、そのおかしな状態になるのだろうか？
つまりは、uLilithを起動しているのがDDEClientなのか、それともあなた自身の直接起動によるものなのか

あとここまで話聞いてわからないのが、そのおかしな状況になった後、
（つまりは既にuLilithが起動している時点で）DDEClientC.exe経由で再生しようとした場合でも
＞ターゲットウィンドウが見つかりません。
＞新たにプロセスを起動します。
これ出てしまうのだろうか？
もし出るとしたら、環境側の問題（あるいは使い方の問題）で、uLilithやDDEClientの不具合ではない
常駐ソフトとかの影響で、DDEClientからuLilithのウィンドウが見えてないということ
ソースコード見る限り、その部分に不具合があるようには見えないので、見つからないわけがない