＃ なお、>>2のmanual_co_02.html内の記述や>>191や>>219の繰り返しになってしまうかもしれませんが、
＃ そういったご質問にご回答するには、現象が再現する動画のIDや、動画をリストに登録した方法など、
＃ 初期状態のツールを起動してから、問題が発生するまでの具体的な手順をお教えいただく必要がございます

＃ 本件の場合でしたら、
＃
＃ (1) C:\Nicoment\ というフォルダを新しく作る
＃ (2) ver2.31b をダウンロードして、zipを解凍して出てきた4つのファイルだけを C:\Nicoment\ に置く
＃ (3) IEでニコニコ動画にログインする
＃ (4) C:\Nicoment\NicomentXenoglossia.exe を実行してツールを起動する
＃ (5) ほかは何も変更せず、「リスト登録時、タイトル未確定の動画はネットから情報取得」にチェックする
＃ (6) リストの下の細長い入力欄に「sm9」と入力して、「これを登録」をクリックする
＃ (7) その結果、「保存ファイル名」のカラムには「*ダウンロード先から取得(sm9)」、「ID」のカラムには「sm9」と登録される
＃　 　このとき、「コメ」「再生」「投稿日」などは空欄のままで、サムネイルは表示されていない
＃　 　また、下の方にあるエディットボックスには、「1件を登録(0秒01) ※サムネ読込も終了(0秒10)」と表示されている
＃ (8) その行の「保存ファイル名」にマウスカーソルを合わせると、ツールチップには「○○」と表示される
＃ (9) 次に、「ダウンロードするもの」の「動画ファイル」にチェックしてから「ダウンロード」をクリックすると、
＃　 　リスト内の「保存ファイル名」の欄が「新・豪血寺一族 -煩悩解放 - レッツゴー！陰陽師(sm9)」に変わって、
＃　 　「新・豪血寺一族 -煩悩解放 - レッツゴー！陰陽師(sm9).flv」というファイルが保存される
＃　 　（あるいは、「保存ファイル名」の欄は変わらず、「＊ダウンロード先から取得(sm9).flv」というファイルが保存される）
＃
＃ ……というような感じに、うまくいかなかったときに行った具体的な手順をお教えいただけましたら、
＃ 原因と考えられる可能性のうちのいくつかが排除できて、少し進展いたします