>>84
たとえば、ブックマークツリーで、http://www.nicovideo.jp/mylist/1 という親アイテムが、
http://www.nicovideo.jp/mylist/2 と http://www.nicovideo.jp/mylist/3 という子アイテムを持つ場合、
親アイテムを選択して「更新チェック」を行うと、

(1)まず、http://www.nicovideo.jp/mylist/1 についての更新チェック処理を行い、
(2)次に、http://www.nicovideo.jp/mylist/2 についての更新チェック処理を行い、
(3)次に、http://www.nicovideo.jp/mylist/3 についての更新チェック処理を行います

「投稿日が“前回そのURLの更新チェックをした日”よりも古い動画はスルーする」と設定している場合は、

(1)では、「前回 http://www.nicovideo.jp/mylist/1 の更新チェックをした日」が基準になります
(2)では、「前回 http://www.nicovideo.jp/mylist/2 の更新チェックをした日」が基準になります
(3)では、「前回 http://www.nicovideo.jp/mylist/3 の更新チェックをした日」が基準になります

（過去に更新チェックを行ったことがないURLに対しては、この設定によるスルーを行いません）

また、「投稿日が古い動画はスルーする」の設定では、単純に、投稿日が○日以上前の動画を無視します
たとえば、1月2日に更新チェックを実行した場合に、「2」日以上前をスルーする設定にしていると、
投稿日が1月1日〜1月2日の動画だけがリストに登録されます

つまり、原則としては、親アイテムを選択して「更新チェック」を行った場合と
子アイテムを選択して「更新チェック」を行った場合では、挙動に違いはないハズです

> 新たにブックマークをサブフォルダに登録して親フォルダで更新をかけたとき
> 新規ブックマークの分がリストに登録されず、個別にチェックすると登録された

とのことでしたら、なんらかの不具合の可能性がありますが、作者が試した限りでは、現象を再現できませんでした
その現象を再現するための具体的な手順をお教えいただけましたら、なにか対処できるかもしれません

＃もしも、詳細設定の「ツリーの操作」で、シングルクリックでリスト登録を行う設定になっているなら、
　 ダブルクリックして「個別にチェック」のつもりで、通常のリスト登録を行っている可能性がございます