労いのお言葉などをいただき、ありがとうございました

>>844
ver2.51までと同じように……ということでしたら、ver3.10で「旧サーバを使う」を選択してみてください

>>850
大変申し訳ないのですが、当ツールではいまのところ、並列DLなどによる高速化はしないほうが良いという方針でございます

>>853
コメントのダウンロードに関しては、ver2.51以前から特に変更しておりません
当方が試した限りでは、

・http://www.nicovideo.jp/watch/1424143215（視聴可能期限が終了）
・http://www.nicovideo.jp/watch/1481784566（配信期間が終了）
・http://www.nicovideo.jp/watch/sm30294982（管理者による削除）

などの動画では、コメントのみダウンロードすることが可能でした
もしも、これらの動画で正常にコメントが取得できないということでしたら、何らかの問題が発生している可能性がございます

また、もしも、これらの動画ではコメントが取得できるけれど、その動画ではコメントが取得できないということでしたら、
「ニコニコ側の問題」の可能性もございます