>>934については、当方の環境では再現しませんでした（その手順で正常に変更できています）
NicomentXenoglossia.exe を終了した状態で「設定：固定URL.txt」へ当該箇所をコピペして保存し、
それから、NicomentXenoglossia.exe を起動しても、並び順の変更が反映されていないようでしたら、
「当該箇所をコピペ」の工程に何か問題があるのかも知れません

私としては、よくわからないようでしたら、素直にドラッグ＆ドロップで並べ直すことを推奨いたします

>>935については、製作者が意図した通りの挙動です
「ブクマするURL・ローカルパス」が「<保存したリストの一覧>」のツリーアイテムは、
downフォルダに存在するファイルを確認して、すべてを子に読み込みます

一度読み込んだリストの並び順は記憶しますが、消したものは次回起動時に復活させます

復活させたくない場合は、
右クリックメニューから「ブクマを削除する」→「削除（実体があればそれも削除）」を選ぶか、
エクスプローラなどで downフォルダの「なんとか.txt」というファイルを消すか移動させてください

（あるいは、「詳細設定」の「ダウンロード」の「ツリーのオプション」で
「『削除』：そのパスの実体もごみ箱に送る」にチェックを付けると、
普通にツリーから消すだけで「なんとか.txt」も削除されて復活しなくなります）