ライトシップ様ごめんなさい。
このスレでサイズが大きいファイルがたくさん入っているフォルダーのアクセスが異様に遅い事を
プログラムのせいではないかと書き込みましたが、これは間違いでした。
原因がはっきりしたので報告します。原因はLPM問題でした。
http://nao-yu-ki-pc.blogspot.jp/2012/09/intel-ssd-330-series.html
を参考に設定してみたら嘘のように速くなりました。
ssdのプチフリに似た現象もすべて解決しました。