M/B以外の構成は同じで、M/Bだけ換えたってことなのかな？
M/B換えた後でOSのクリーンインストールしてないならそれが原因だと思う

クリーンインストールしてあってその問題が起こるなら、俺からの回答は２つ。

ケース1.
OSの入ってるドライブのドライブレターもCからDとかEに変わるかどうか
これ変わっちゃうと不具合どころの話じゃないので、Samurizeで遊ぶ前にクリーンインストールした方がいい

ケース2.
OSの入ってるドライブのドライブレターが固定で、
それ以外のドライブレターだけが毎回変わるっていうなら、若い文字じゃなくて後半の文字を自分で設定してやれば固定される "かも" しれない
HIJ辺りからなら競合ないかも。Rは稀に光学ドライブやリムーバブルディスクで確保されるので避けた方がいい

ここで説明するより説明されてるページ見た方が分かりやすいと思うので
win7 ドライブレター 変更 とかでググってくれ