この順が正しい(と言っていい)
1.ゲストでデフラグ
2.仮想マシン設定でデフラグ
3.ホストでデフラグ

2.だけだと物理HDD上がこういう状況であった場合などに
ディスクに連続(LBA)配置されない
2.前:■■□■◆■■□■□■◆
2.後:■■◆■□■■◆■□■□
 ※■は他のファイルで使用中のセクタ、◆はsample.vmdkが保存されてるセクタ、□は空きセクタ

だから3.をしてこうする
3.前:■■□■◆■■□■□■◆
3.後:■■■■■■■◆◆□□□