455です、とりあえず解決しました。

symbols-tree-viewを使っている方は多いと思うので、
同症状に陥ってしまった方に役立つかもなので、記録に残しておきます。

【症状】
symbols-tree-viewでファイルオープン時 & ファイルタブ切り替え時に、
シンボル表示が実用に耐えられない遅さ(sec単位)になってしまう。

【環境】
symbols-tree-view: 0.13.2
atom: 1.7.4
OS: win7

【原因】
結局分からないまま…

【対処方法】
0. atomの設定ファイル系は全てバックアップしておく
1. atomをアンイストール & atom関連のファイルを全削除
2. atomを再インストール
3. パッケージの入れ直し

で解決しました。
原因が分からないままなので、あくまでとりあえずの対処方法です。