377ですがowncloudでも同じことが起きました
確認したのは、9.0.4 （問題ない） と9.1.0　（問題あり）
上書きをしているわけではなく展開を別dirにしています
owncloud2バージョン、nextcloud2バージョンで4つ分が/var/www/html以下に
環境は、centos7 でepel,remi,remi-php70リポジトリ
nginxではなくapache（httpd） で、postgresql,php-70 もろもろをyumでインストール
httpd.confのOverride NoneからAllに変えただけ

こんなんで動くほうがおかしい？