sakuraは設定-入力改行コード指定でEnterの時どのコードで入力するか指定できる
あと新しめのバージョンなら編集-挿入-コントロールコードで
CR/LFを変換せずに入力することもできるお
保存するときに異なるコードを統合するか聞いてくるのはタイプ別でOFFにできる