Win10の大型アプデまだ来てないので関係ない話かも知れんが、
0.9.39-UNSTABLE を起動してcfgが0.9.39で出力されたものに変更されると、ML起動でエラー出るようになる
ただのテキストファイルなので、cfgで新規追加された部分が邪魔してるんだと思う
ぶっちゃけるとセガサターン部分

Mednafenは慣れれば直接cfg書き換えた方が楽な場合も多いので(元々それ前提だし)、一度設定固めたら後は、単純にファイル名渡すだけのゲームリスト表示するタイプのランチャー使う方が楽だったりする
今までMLで十分だったので、MedGuiとかは触ったこと無いから分からんw