この場合、INIが独自形式かどうかはあんまり関係ないよ
バージョン変わったら旧バージョンと項目変わってることはそんなに珍しくない
少なくともエミュレータに関しては、そういうものと思って分けて使うのが普通だよ
それを引き継いで使えば、何らかの不具合が出るのは当たり前と思わないと