>>343
・スタートアップの登録ってのはスタートアップフォルダにショートカット貼り付けるだけ、OS起動時というよりログオン時に起動される
・サービスへの登録はサービスマネージャ等でレジストリに登録され、起動タイミングをいろいろ設定できる
　サービスはバックグラウンドプロセスとして実行され、ログオン状況に左右されず管理者権限として実行可能
この違いがわからないと言っている時点で一緒くたにしていることが明白