HDM を使っているけど、パーティション間の 1MB の隙間の問題は以前のバージョンからある問題。
どうも 2MB 境界にアライメントさせてしまうように思う。
先頭の GPT の領域が 1MB なので ESP を 99MB で確保するとそれ以降は 2MB 境界に
アライメントできるので、隙間なくリストアできるようになる。

それ以外でも MBR のHDD で HDM でパーティション操作をすると epbs (extended partition boot record) 内の
パーティションテーブルが変な位置に作成される。