うーん、そう思ってメイリオ（Pフォント）を含めたんですけどね。
再度、以下の操作をしてみました

1. sakura.exeダブルクリックで無題ウィンドウを開く（初期フォントはMSゴシック）
2. MS明朝に変更
3. MS Pゴシックに変更
4. MS P明朝に変更
5. メイリオに変更
6. ファイルを開く（sakuraのソースCAutoReloadAgent.cpp）
7. MS ゴシックに変更
8. MS明朝に変更
9. MS Pゴシックに変更
10. MS P明朝に変更
11. メイリオに変更

上記一連の操作をやってみたところでは問題なしでした