スクリプト一覧(標準入出力でパス文字列を操作するだけなので言語は何でも良い)
スクリプトをD&Dして複数組み合わせて指定
スクリプトから参照可能な環境変数一覧(挙動をカスタマイズするためのもの)
Explorerライクなフォルダツリー
置換前ファイル名一覧
置換後ファイル名一覧
これらの設定を束ねておいて用途ごとに保存/呼び出し/実行できるプロファイル機能

これだけの機能さえあればシンプル、高機能、拡張可能なツールが作れそう