emacs-24.5-x64.diffと24.5用の個別パッチを比較
あるいは
(開発版のパッチでよければ)emacs-master-diffsで*-x64.diffを消す前のtar.xzの中身のものを比較
では?

削除前のemacs-25.0.94-x64.diffはまだ持ってるので最新pretestに近いもので確認したいということならこれだけ置きなおしてもいいですけど。

ざっとみてsite-lispのelとデフォルトフォント以外は

・いわゆるダメ文字対応
(ちゃんと確認してないけど本家のファイル名ユニコード対応で解決済み?)

・IMEまわり USE_W32_CALL_LISP_THREAD の ifdef で無効にした部分
(emacs-master-diffsのtar.xzでexperimental/に置いてるもの)

・w32-memory-info
(GNU emacs(x64)のメモリ使用量がスレで話題になったときに作者の方が調査用に追加したもの?)

・gcc warning 抑制のための修正いくつか

あたりですかね。