すいません。どうしても自力で解決できないので助けてください。

元素材の.mp4動画の音声トラックの形式がAACなのですが
.m4a で抽出した場合には正常に再生できるのに
.aac（ADTS形式） で抽出した場合には正常に再生できません

具体的には、本来の再生時間は３時間ちょっとなのですが（03:01:36）
.aac で抽出したものはプレイヤーに入れると再生時間が 43:49:10 と長大な時間が表示され
本来の時間を超える箇所をシークすると再生が停止します。
しかし、音声データ自体はちゃんと存在していて本来の時間内ならシーク可能です

問題は、この音声データを無劣化でカット編集したいのですが
.m4a 形式でそれができそうなのはフリーでは見つからなくて
.aac 形式でなら目的を果たせそうなソフトがあったのですが
この再生時間がおかしい .aac では読み込み時にエラーが出てしまうんです

.m4a にしようが .aac にしようが中身は同じ AAC ですが
.aac 形式にした時の再生時間がおかしい状態を修正するにはどうすればよいのでしょうか

ADTS ヘッダー がおかしいかったり欠けている可能性もあるのでしょうか？
バイナリを覗いてみましたがあるべきものが無いような気も？（テレビ番組等ではないため関係ないかも？）