>>149
設定→FreeCommanderの起動→環境設定フォルダータブ→環境設定ファルを読み込むフォルダーを確認してみて


設定ファイルはC:\Users\ユーザー名\AppData\Local\FreeComanderXE以下に
Settingsというフォルダを自動的につくってそこに保存されるみたい

次回以降の起動時には最初にそのSettingsフォルダを読み込みにいくけど、一度管理者権限で起動して
設定から環境設定フォルダを変更したりした後、またユーザー別のフォルダに設定を戻した場合、
C:\Users\ユーザー名\AppData\Local\FreeComanderXEフォルダを読み込みにいくようになるみたい
(つまりSettigsフォルダの上のフォルダしか読み込まない）

対策は、管理者権限で起動→設定の"環境設定ファルを読み込むフォルダー"で"次のフォルダー"にチェック
パスを"C:\Users\ユーザー名\AppData\Local\FreeComanderXE\Settings"にして適用
これで毎回Settingフォルダを読み込むようになると思う