Q. mkv,mp4,flvといったファイルが再生できないんだけど?
A. 動画や音声ファイルは、映像データや音声データを「コンテナ」に格納しています。
  mkv,mp4,flvはコンテナの名称です。動画や音声を再生するには、
    1. コンテナから映像データや音声データを取り出す
    2. 取り出した映像データや音声データをデコードする
  という処理が必要となりますが、ffdshowができるのは2の処理だけです。
  1の処理にはそれぞれのコンテナに応じた「スプリッター」が必要です。
  x264.nlでは、mkvコンテナにはHaali Media Splitter、
  それ以外にはLAV Splitterを使うことが推奨されていますので、
  以下の説明もそれに従います。

  ●Haali Media Splitter(MKV(Matroska)コンテナに使用)
    http://haali.su/mkv
    ※インストール途中で「Enable ??? Support」という形で
     AVI, MP4, OGG/OGM, MPEG-TS, MPEG-PS の5つのコンテナも選べますが、
     ここは全部チェックを外して下さい。

  ●LAV Filters(MKV以外のコンテナに使用)
    http://forum.doom9.org/showthread.php?t=156191
    ※インストール中の選択肢で、「LAV Splitter」だけを選択してインストールします。
     「LAV Video」「LAV Audio」はffdshowと同様の働きをするデコーダーなので不要です。
    ※インストール中の選択肢で、扱うコンテナを決める際は「Matroska」のチェックは
     外すようにして下さい。(MatroskaはHaaliで扱うため)

  ★もしもMP4をLAVではなくHaaliで扱いたい場合は、
    Haaliで「Enable MP4 Support」にチェックを入れ、LAVではMP4のチェックを外して下さい。