しばらく書き込めないと思ってたが自己解決して戻ってきたよ。
結論、
さきゅばす1.66.1.1の変換設定→フォントサイズを画面にあわせて自動調整する
のチェックを外すだけで無事にコメ付き動画が生成された。

さきゅばす2.0b4では細かい設定変更ができないので変わらずのエラー画面。
使用不可。


他のソフトについてのffmpeg.exe動作停止問題のブログ読んでてソフトの設定変
えたらffmpeg.exeが無事に動いたって記事があって、もしやと思ってさきゅばす
の設定いじったら上記のとおり。
vista側の設定変更することにばっか気をとられてて肝心のソフトの方に目がいっ
てなかった・・・マヌケ。

まあ、出所の怪しいフリーソフト大量にインストールしまくったりもしてるんで
結局何がffmpeg.exeの動作妨害してるのかわからんのだが。