ニコニコ動画がhttps化して、httpアクセスだとニコニコ側でリダイレクトされるため
それがツールの処理を失敗させているのかと思われます

ソースが公開されていたのでなんとなくgrepした程度ですが
https://github.com/Saccubus/Saccubus1/releases
ソース中にURLがベタで書かれているので
http://www.にこvideo.jp　を　https://www.にこvideo.jp　に置換してリビルドで動くのではと思いますが
当方、開発環境ないんでできません

frontend\src\saccubus\MainFrame.java
frontend\src\saccubus\MylistGetter.java
frontend\src\saccubus\net\NicoClient.java

ここらへんが対象ですね
作者様が対応してくれることを祈ってます