自分はこれでいけてる。
まずNicomenXenolossiaをダウンロード
ニコ動のidとpw設定したらコメントと動画ダウンロードできるはず
コメントの調整はツールの一番右下にある「過去ログも取得」の上限の数字をいじればいい。
ダウンロードしたコメントと動画にそれぞれ[sm〜〜]と名前をつける。
(例) sm15630734だったら、　[sm15630734]千本桜　とか
コメントを さきゅばす の [out]comment にいれる。
動画を　さきゅばす　の　[out]video　にいれる。
ちなみに俺のさきゅばすは 1.67.711
さきゅばすを起動→保存設定→動画・コメント欄→動画保存設定
動画保存にチェックを入れない。
コメント保存設定にコメントをダウンロードにチェックを入れない。
コメント付き動画→コメント付き動画保存設定
動画を変換する　コメントを付加する　にチェック
さきゅばすの上にあるURL/IDに sm〜〜 を入力し変換する。
変換された動画は [out]converted にある。