IEの履歴やキャッシュを削除すると、必ずブックマークの各サイトの並び順が初期化されてしまう。
昔からそうだった。
CCleaner自体、何度もアップデートしてるのに、ここだけ直らない。

しょうがねーから、毎回これ使う直前に並び順のレジストリ情報をバックアップしてるわ

\HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\MenuOrder\Favorites

ちなみに、いま話題のFireFoxのトラブルは起きていない。
環境の違いかな？