現時点ではバッチとかで回避するしかなさそうだね
簡単に作るとこんな感じ？


for %%d in (%*) do (
start "" "<秀丸ファイラのパス>\HmFilerClassic.exe" /i %%d
)


新規テキストファイルに↑の3行をコピペして「まとめて開く.bat」などの適当な名前で保存
フォルダをまとめて選択してこのbatファイルにドロップするだけ
/i を /t にすればウィンドウでなくタブで開く
batファイルをツールバーに登録したりフォルダの関連付けに登録したり「送る」に入れたりするとよいかと