>>54ですが、試に別のファイラ AS/R v8.0.0.3 64bit版で閲覧してみたところ
エクスプローラー上と同じくhtmlのアイコン画像がおかしくなるだけで更新時刻のソートは問題ありませんでした

>>55 昔firefox上で埋め込み動画がみられなくて
いろんなブラウザーをインストールしまくったその名残りで
htmlの関連付けの問題が発生してる感じでなので
秀丸ファイラー側の問題ではないのでいいかなと・・・

で試しにhtmlの関連付けを変更するソフトでhtmlが32ビットfirefoxだったのを削除したところ
なんと32ビット版の秀丸ファイラでもソートの異常が発生してしまいました！
しかたないので規定のブラウザを64ビット版のgoogle chromeに変えたり
関連付けを削除したりfifefox64bit版に変更といろいろやってたところ
秀丸ファイラ64ビット版での今回の更新時刻のソート問題も解決されました。
　
ただこのパソコンはメモリが8GBしかないのにファイルが4000万個とかあるので
ほんとうに特殊な事例な気がしないでもないです